Data Scientist en analyse d'images

Le Département de recherche biomédicale (DBMR) lance un nouveau Biological Data Science Hub et invite les candidatures pour un Data Scientist spécialisé en analyse d'images. C'est une opportunité unique de prendre un rôle de leadership dans la définition de l'avenir de la recherche biomédicale basée sur les données à l'Université de Berne et au-delà. 

À propos du Hub 

Le Biological Data Science Hub a trois missions clés : 

● Éducation : Permettre aux laboratoires d'adopter des méthodes de data science de pointe en formant des doctorants et post-doctorants et en intégrant les meilleures pratiques directement dans les groupes de recherche. 

● Communauté : Construire une forte culture de la data science à travers des réunions régulières, des collaborations avec des partenaires nationaux et internationaux, et des symposiums annuels. 

● Données ouvertes : Promouvoir les pratiques FAIR, partager le code et favoriser une recherche reproductible et rentable. 

En tant que leader de pilier en analyse d'images, vous jouerez un rôle central dans l'avancement de ces missions. 

Votre rôle 

Nous recherchons un scientifique expert en analyse d'images biologiques capable de combiner excellence technique, vision et initiative. Dans ce rôle, vous :

● Dirigerez le pilier analyse d'images du Hub, en apportant indépendance et initiative. 

● Concevez et mettez en œuvre des pipelines à la pointe de la technologie pour les données d'imagerie biologique. 

● Curatez, collectez et gérez des ensembles de données, contribuant à la création d'un référentiel à l'échelle de l'université. 

● Guidez et encadrez les chercheurs des laboratoires du DBMR sur les meilleures pratiques et méthodes avancées d'analyse d'images. 

● Organisez des sessions de formation, ateliers et événements communautaires. 

● Représentez le Hub au niveau national et international en promouvant nos activités lors de conférences et en construisant des collaborations. 

● Contribuez à l'établissement de normes pour une data science FAIR et reproductible. 

Votre profil 

● Doctorat ou Master en informatique, analyse d'images biomédicales ou domaine connexe. 

● Expertise en data science d'images, incluant apprentissage automatique et apprentissage profond. 

● Solides compétences en programmation (Python requis ; R ou similaire souhaité). 

● Expérience en environnements HPC/Linux et traitement parallèle des données. 

● Capacité à travailler de manière autonome, prendre des initiatives et diriger des projets. 

● Excellentes compétences en communication et mentorat, avec un esprit collaboratif. 

Souhaitable : 

● Expérience en analyse d'images de microscopie (dépistage à haut contenu, ME, light-sheet, confocal, etc.). 

● Familiarité avec des outils tels que Fiji, CellProfiler, Napari. 

● Expérience en développement logiciel collaboratif. 

● Connaissance des environnements de recherche ou de données cliniques. 

Nous offrons 

● Un poste financé pour 3 ans (80–100%). 

● Un rôle de leadership dans une initiative nouvellement établie et à fort impact. 

● Des opportunités de développement de carrière et de visibilité au sein des principaux réseaux biomédicaux et de data science en Suisse (EPFL AI Center, SIB, NCCR RNA & Disease, Zurich Vision Center). 

● Un environnement dynamique, international et interdisciplinaire au sein de la Faculté de médecine. 

● Une équipe d'experts en IA, analyse de données et biologie computationnelle, collaborative et solidaire. 

● Un salaire et des avantages compétitifs. 

Informations pratiques 

● Date de début : Dès que possible 

● Type de contrat 1 an renouvelable (jusqu'à 3 ans) 

● Taux d'activité : 80–100%