Poste de Postdoctorant en Bioinformatique 80-100%

Début de l'emploi : novembre 2025 (ou selon accord), le poste est disponible pour un an (avec possibilité de prolongation).
L'Université de Berne est la troisième plus grande université de Suisse. Le poste offre un environnement scientifique de classe mondiale avec une infrastructure exceptionnelle. Notre département de l'Université de Berne invite les candidatures pour un poste de chercheur postdoctoral afin de travailler sur un projet de recherche innovant dans les domaines de la biologie chimique, de l'ingénierie enzymatique et de la biocatalyse.

• Réalisation de projets de recherche innovants dans le domaine de la biologie chimique, de l'ingénierie enzymatique et de la biocatalyse
• Application et développement de nouvelles méthodes pour exploiter les données de structure des protéines pour l'ingénierie enzymatique
• Mise en œuvre et utilisation de méthodes d'apprentissage automatique de pointe pour obtenir des informations à partir des relations séquence/structure-activité des enzymes afin d'améliorer la conception expérimentale
• Analyse statistique des données d'ingénierie enzymatique pour valider la qualité expérimentale
• Développement et expansion de l'infrastructure de laboratoire pertinente et des flux de travail bioinformatiques
• Supervision de stages, de mémoires de Bachelor et de Master

• Un doctorat en bioinformatique, chimie, biochimie, biologie computationnelle, conception de protéines, conception/découverte de médicaments ou un Master avec plus de 3 ans d'expérience dans un environnement de travail comparable
• Une connaissance pratique des bioinformatiques de pointe pour la modélisation des complexes protéine-ligand, le docking de petites molécules et macromolécules ainsi que la visualisation et l'analyse des structures et complexes protéiques. Une expérience en dynamique moléculaire (MD) ou en simulations mécanique quantique/mécanique moléculaire (QM/MM) ainsi qu'une expérience avec Rosetta/PyRosetta est un plus.
• Une solide formation en statistiques et la capacité de l'appliquer à la conception expérimentale ou à l'analyse de grands ensembles de données.
• Une expérience en conception d'algorithmes et en utilisation de cadres d'apprentissage automatique pertinents pour le domaine est un plus (par exemple, LMs protéiques (ESM, ProtTrans), PyTorch, scikit-learn)
• Une expérience dans la réalisation d'alignements multiples de séquences, la reconstruction phylogénétique, les réseaux de similarité de séquences ainsi que le traitement, le contrôle qualité et l'analyse statistique de jeux de données biologiques internes et externes, y compris les données de séquençage de nouvelle génération (NGS), est un plus
• Une maîtrise de la programmation (de préférence Python3). La connaissance du versionnage, de la gestion de paquets et de la containerisation (par exemple Git, conda & Docker) ainsi qu'une connaissance pratique des systèmes basés sur Unix (par exemple Ubuntu) et des infrastructures HPC est un plus.
• Une maîtrise orale et écrite de l'anglais

• Une gamme de tâches variées et intéressantes avec des opportunités de formation continue
• Des conditions d'emploi progressives et des prestations de sécurité sociale conformes aux directives cantonales
• Un emplacement central