Assistant Doctorant - 0131

À propos de cette offre

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Poste de doctorant en pathologie computationnelle et analyse d'images de lames entières

L'Institut de Pathologie, au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) ouvre un poste de doctorant avec une date de début au 1er avril 2026 :

Contexte

Le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) est l'un des cinq hôpitaux universitaires suisses. Grâce à sa collaboration avec la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un rôle de premier plan dans les domaines des soins médicaux, de la recherche médicale et de la formation.

Nous invitons les candidatures pour un poste de doctorant entièrement financé axé sur la pathologie computationnelle, avec un accent particulier sur l'analyse des images de lames entières (WSI) pour distinguer entre plusieurs tumeurs pulmonaires primaires et une maladie métastatique. Le candidat retenu rejoindra une équipe interdisciplinaire dynamique travaillant à l'intersection de la pathologie, des sciences computationnelles et de l'apprentissage automatique.

Cette recherche contribuera à améliorer la précision diagnostique en oncologie thoracique en développant de nouvelles méthodes computationnelles basées sur l'image pour soutenir la prise de décision dans des scénarios cliniques complexes où plusieurs lésions pulmonaires sont présentes. Le projet exploitera des images d'histopathologie numérique et des métadonnées cliniques associées pour construire des algorithmes robustes et interprétables pour la classification, la comparaison et la caractérisation des tumeurs.

Le doctorant sera co-encadré par des professeurs experts en pathologie, apprentissage automatique et analyse d'images biomédicales, et aura l'opportunité de contribuer à des publications à fort impact et à la recherche translationnelle.

Mission

Développer des algorithmes d'analyse d'images pour différencier plusieurs tumeurs pulmonaires primaires des métastases intrapulmonaires en utilisant les WSI

• Concevoir des expériences computationnelles pour valider et évaluer les algorithmes sur des jeux de données annotés par des experts
• Contribuer au développement d'outils interprétables intégrés aux flux cliniques et soutenant le diagnostic de précision

Responsabilités clés

Prétraitement et annotation des WSI

• Prétraiter de grands ensembles de données d'histopathologie (par exemple, normalisation des colorations, découpage en tuiles, suppression des artefacts)
• Collaborer avec les pathologistes pour l'annotation des régions et l'étiquetage de la vérité terrain

Développement d'algorithmes

• Concevoir et implémenter des pipelines d'apprentissage automatique (par exemple, CNN, modèles basés sur des graphes, extracteurs de caractéristiques au niveau des patchs) pour la différenciation des tumeurs
• Développer des métriques de similarité ou des embeddings appris pour comparer les tumeurs entre les lames ou au sein des patients

Conception expérimentale et validation

• Réaliser des expériences rigoureuses pour évaluer la précision diagnostique, la reproductibilité et la généralisabilité des modèles
• Analyser les résultats statistiquement et en collaboration avec des experts cliniques

Communication scientifique

• Contribuer à la rédaction de manuscrits scientifiques, présentations en conférence et rapports d'avancement
• Participer aux réunions de recherche interdisciplinaires et aux sessions de planification collaborative

Soutien aux outils et collaboration

• Développer un code modulaire, bien documenté et des interfaces pour faciliter l'utilisation par d'autres chercheurs ou collaborateurs
• Encadrer des étudiants de premier cycle ou des membres juniors du laboratoire sur les aspects de préparation des données et développement de modèles

Développement professionnel

• Se tenir à jour avec la littérature de pointe en pathologie computationnelle, apprentissage profond et diagnostics du cancer du poumon
• Assister à des conférences scientifiques et ateliers de formation

Profil

• Master en informatique, génie biomédical, génie électrique, mathématiques appliquées ou domaine connexe
• Solide maîtrise de la programmation en Python et expérience avec des bibliothèques de calcul scientifique (par exemple, NumPy, SciPy, scikit-image)
• Expérience avec les données d'histopathologie numérique ou autres grands ensembles d'images
• Familiarité avec les frameworks d'apprentissage profond (par exemple, PyTorch ou TensorFlow)
• Travaux antérieurs impliquant classification, segmentation ou analyse de similarité en imagerie médicale ou histologie
• Expérience avec les bibliothèques de gestion d'images de lames entières (par exemple, OpenSlide, SlideIO)
• Compréhension des caractéristiques histopathologiques pertinentes pour le cancer du poumon (par exemple, architecture tumorale, morphologie cellulaire)
• Excellentes compétences en communication et capacité à travailler dans un environnement collaboratif et multidisciplinaire.

Nous offrons

Devenir employé du célèbre Centre Hospitalier Universitaire du Canton de Vaud est une garantie de :

• Avantages sociaux de premier ordre tels qu'un congé de paternité de 20 jours et un congé de maternité de 4 mois (possibilité également d'obtenir un congé d'allaitement complémentaire d'1 mois) ;
• Progression salariale régulière adaptée à vos responsabilités ;
• Droit à au moins trois jours de formation par an, en accédant à une large offre de cours non seulement du Centre de Formation du CHUV mais aussi de prestataires externes ;
• Possibilité d'accéder à l'un des 500 appartements meublés proposés dans les quartiers environnants en cas de déménagement en Suisse ;
• Réductions proposées sur les événements sociaux et culturels, goodies et autres services, grâce à l'association « H-Oxygène » ;
• Inscription à notre Plan Mobilité et bénéficier de différents avantages (réductions sur les transports publics, promotion de la flotte de voitures « Mobilité » et réductions sur les vélos électriques) ;
• Possibilité de profiter de nos restaurants d'entreprise de haute qualité, situés dans chaque bâtiment hospitalier, avec une réduction pour les employés.

Contact et envoi de candidature

Personne de contact en cas de questions sur ce poste : Prof. Sabina Berezowska, au 021 314 72 11.

Toutes nos candidatures sont traitées électroniquement. Pour cette raison, nous vous demandons de postuler exclusivement en cliquant sur le bouton POSTULER en bas de l'annonce.

En cas de problème avec votre candidature, vous pouvez consulter notre document "comment postuler en ligne". En cas de problème technique, vous pouvez contacter notre équipe de recrutement qui vous aidera (e.recrutement@chuv.ch / +41 21 314 85 70)

Le CHUV applique les exigences de qualité les plus élevées dans le cadre de son processus de recrutement. De plus, soucieux de promouvoir la diversité et l'inclusion au travail, nous nous efforçons d'assurer un traitement égal et d'éviter toute discrimination. Nous attendons votre candidature avec impatience.

Nous informons les agences de recrutement externes que toute candidature insérée directement sur notre plateforme de recrutement ne sera pas acceptée et ne pourra pas être facturée. Merci de votre compréhension.