Doctorat en écologie microbienne expérimentale

Introduction

L’UNIL est un établissement d’enseignement et de recherche international de premier plan, avec plus de 5 000 employés et 17 000 étudiants répartis entre son campus de Dorigny, le CHUV et Epalinges. En tant qu’employeur, l’UNIL encourage l’excellence, la reconnaissance individuelle et la responsabilité.

Le bureau GENESIS de l’Université de Lausanne invite les candidatures pour un poste de doctorant en écologie microbienne expérimentale dans le cadre du PRN Genesis. Le candidat retenu travaillera sous la co-direction d’Alice Bosco Santos (UNIL) et Nicola Storelli (SUPSI).

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PRN GENESIS - Poste de doctorat entièrement financé

Le Pôle de recherche national (PRN) Genesis est un projet d’infrastructure de recherche financé par le FNS, axé sur l’exploration de l’émergence de la vie dans l’Univers. Cette infrastructure de recherche interdisciplinaire réunit physiciens, géologues, planétologues, chimistes et biologistes afin de comprendre les conditions et les mécanismes permettant l’émergence de la vie. Développer des méthodes fiables pour détecter des traces fiables de vie (biosignatures) – que ce soit par télédétection ou par mesures directes sur site – nécessite une innovation significative. Ces défis exigent une collaboration étroite entre la physique, la biologie, la chimie et les sciences de la Terre. Le PRN Genesis ne vise pas à fournir des réponses dans tous les domaines, mais à stimuler la recherche innovante et à réaliser des progrès décisifs.

Des informations détaillées sur le PRN Genesis sont disponibles sur son site web https://nccr-genesis.ch .

Le PRN Genesis est profondément engagé en faveur de l’égalité, de la diversité et de l’inclusion. Notre objectif est de cultiver une culture de travail respectueuse et équitable avec un accès égal au développement professionnel et un soutien pour tous. Nous encourageons vivement les candidatures des groupes sous-représentés.

Présentation

Ce projet de doctorat développera des systèmes expérimentaux contrôlés pour étudier les stratégies écologiques descendantes et ascendantes qui façonnent directement les biosignatures des bactéries du cycle du soufre dans des environnements à faible teneur en oxygène. L’accent principal sera mis sur les interactions virus-hôte chez les bactéries sulfureuses pourpres (PSB) et vertes (GSB) liées aux communautés microbiennes anoxiques du lac méromictique de Cadagno. Le travail combinera des expériences en laboratoire à l’UNIL (Lausanne) et à la SUPSI (Mendrisio) avec des observations sur le terrain dans des environnements aquatiques stratifiés (par exemple, lacs méromictiques), notamment entre juin et octobre.

Le candidat établira la base empirique nécessaire pour quantifier comment les perturbations virales affectent le métabolisme microbien et les flux biogéochimiques.

Informations sur le poste

Date de début prévue : automne 2026 ou selon accord

Durée du contrat : 4 ans (1+2+1)

Taux d’activité : 100 %

Lieu de travail : bâtiment Géopolis, Institut des sciences de la Terre, Faculté des géosciences et de l’environnement, Université de Lausanne

Vos responsabilités

Le candidat retenu étudiera les interactions virus-hôte chez les bactéries phototrophes sulfureuses anoxygéniques par une combinaison d’approches sur le terrain, en laboratoire et moléculaires. Le projet impliquera la surveillance et l’isolement de virus dans des environnements naturels, la réalisation d’expériences d’infection avec différentes bactéries phototrophes sulfureuses anoxygéniques, ainsi que la conduite d’expériences de microbiologie anaérobie sous conditions redox contrôlées en utilisant des systèmes tels que la microfluidique et les mésocosmes. Le candidat caractérisera les réponses microbiennes à l’aide de cytométrie en flux, de tests de viabilité (par exemple, coloration vivant/mort), de microscopie et d’analyses spatiales, tout en développant des protocoles moléculaires incluant la quantification par qPCR, l’extraction d’ARN et la préparation d’échantillons pour la transcriptomique. Le poste comprend également l’organisation et la participation à des campagnes de suivi sur le terrain au lac de Cadagno (Tessin, Suisse) et une collaboration étroite avec des partenaires computationnels pour intégrer les données expérimentales et multi-omiques dans une compréhension globale des processus microbiaux induits par les virus.

Vos qualifications

Nous recherchons un candidat motivé avec un fort intérêt pour la microbiologie environnementale et la géomicrobiologie. Un master (ou équivalent) en microbiologie, sciences de l’environnement, biologie ou domaine connexe est préféré. Nous encourageons les candidats intéressés par l’écologie microbienne et la biogéochimie, ainsi que motivés pour le travail de terrain en milieux lacustres, à postuler.

Nous sommes engagés en faveur de l’équité, de la diversité et de l’inclusion dans notre environnement de recherche. Nous encourageons particulièrement les candidatures de personnes sous-représentées dans les sciences, y compris celles issues de milieux culturels et ethniques divers et celles ayant suivi des parcours académiques non traditionnels. Nous valorisons la diversité et cherchons activement à construire une équipe inclusive et solidaire.

Ce que le poste vous offre

Nous offrons un cadre de travail agréable dans un environnement académique multiculturel, diversifié et dynamique. Des opportunités de formation professionnelle, de nombreuses activités et d’autres avantages sont à découvrir.

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Le candidat sera basé à l’Université de Lausanne au sein d’un environnement de recherche dynamique et interdisciplinaire et collaborera étroitement avec la SUPSI. Des séjours à la SUPSI pour formation et analyses seront nécessaires (notamment de juin à octobre). Le projet s’inscrit dans le PRN Genesis, offrant un accès à un large réseau de chercheurs travaillant sur les biosignatures, les processus microbiens et l’habitabilité planétaire.

Contact pour plus d’informations

Mme Alice Bosco Santos - alice.boscosantos@unil.ch

Votre candidature

Date limite : 20.08.2026
Merci d’envoyer les documents suivants au format PDF :

• Une lettre de motivation exposant vos intérêts et motivations de recherche (max. 1 page)
• Votre CV incluant votre parcours académique, vos recherches/publications antérieures et/ou expériences industrielles ainsi que les noms et coordonnées de 2-3 référents
• Copies de vos diplômes.

Seules les candidatures soumises via ce site web seront prises en compte.

Nous vous remercions de votre compréhension.

Informations complémentaires

L’UNIL s’engage à :
• l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de sa communauté ;
• garantir un environnement ouvert et respectueux propice au développement personnel ;
• offrir des conditions de travail favorisant l’équilibre vie professionnelle/vie privée ;
• soutenir les chercheurs en début de carrière.

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