Doctorat en biosignatures microbiennes quantitatives et biophysique statistique

Introduction

L'UNIL est une institution internationale de premier plan en enseignement et recherche, avec plus de 5 000 employés et 17 000 étudiants répartis entre son campus de Dorigny, le CHUV et Epalinges. En tant qu'employeur, l'UNIL encourage l'excellence, la reconnaissance individuelle et la responsabilité.

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NCCR GENESIS - Poste de doctorat entièrement financé

Le Centre National de Compétence en Recherche NCCR Genesis est un projet d'infrastructure de recherche financé par le FNS, axé sur l'exploration de l'émergence de la vie dans l'Univers. Cette infrastructure de recherche interdisciplinaire réunit physiciens, scientifiques de la Terre et planétaires, chimistes et biologistes pour comprendre les conditions et les mécanismes permettant l'apparition de la vie. Développer des méthodes fiables pour détecter des traces fiables de vie (biosignatures) – que ce soit par télédétection ou par mesures directes sur site – nécessite une innovation significative. Ces défis exigent une collaboration étroite entre la physique, la biologie, la chimie et les sciences de la Terre. NCCR Genesis ne vise pas à fournir des réponses dans tous les domaines, mais à stimuler la recherche innovante et à réaliser des progrès décisifs.

Des détails sur NCCR Genesis sont disponibles sur son site web https://nccr-genesis.ch .

NCCR Genesis est profondément engagé en faveur de l'égalité, de la diversité et de l'inclusion. Notre objectif est de cultiver une culture de travail respectueuse et équitable avec un accès égal au développement professionnel et un soutien pour tous. Nous encourageons vivement les candidatures des groupes sous-représentés.

L'Institut des Sciences de la Terre (ISTE) de l'Université de Lausanne invite les candidatures pour un poste de doctorat en biosignatures computationnelles et modélisation quantitative dans le cadre du NCCR Genesis. Le candidat retenu travaillera sous la co-direction d'Alice Bosco Santos (UNIL) et Paolo De Los Rios (EPFL).

Présentation

Ce projet de doctorat vise à quantifier comment les perturbations virales du métabolisme microbien se traduisent par des biosignatures mesurables dans des environnements à faible teneur en oxygène.

En se concentrant sur les communautés microbiennes impliquées dans le cycle du soufre (par exemple, les bactéries pourpres du soufre et les virus associés), le projet combinera bioinformatique, modélisation quantitative et intégration de données expérimentales pour identifier les points de contrôle métabolique clés ciblés par les virus et évaluer comment leur perturbation se propage à travers les systèmes microbiens et biogéochimiques, produisant des variations détectables dans les biosignatures (par exemple, fractionnement isotopique, production de pigments).

Informations sur le poste

Date de début prévue : automne 2026 ou selon accord

Durée du contrat : 4 ans (1+2+1)

Taux d'activité : 100 %

Lieu de travail : Institut des Sciences de la Terre, Faculté des Géosciences et de l'Environnement, Université de Lausanne

Vos responsabilités

Le candidat retenu analysera des ensembles de données multi-omiques, incluant métagénomes, métatranscriptomes, viromes et gènes métaboliques auxiliaires viraux (AMGs), pour étudier comment les infections virales modifient le métabolisme microbien. Le projet impliquera l'identification des voies métaboliques (voies KEGG) et des réactions limitantes ciblées par les virus, l'intégration de ces données dans des modèles quantitatifs simulant les réseaux métaboliques microbiens, la quantification de l'impact des perturbations virales et l'estimation des seuils à partir desquels l'activité virale produit des variations détectables des biosignatures. Le candidat contribuera à l'interprétation du cycle du carbone et du soufre dans les environnements naturels, participera à des campagnes de terrain pour se familiariser avec les écosystèmes étudiés, et aura l'opportunité de prendre part à des expériences en laboratoire, telles que des analyses d'expression génique, pour valider et paramétrer les modèles quantitatifs.

Vos qualifications

Nous recherchons un candidat motivé, intéressé par l'intersection de la biologie, de la physique et des sciences de la Terre, avec une forte inclination pour les approches computationnelles. Vous devez posséder un MSc (ou équivalent) en bioinformatique, biologie computationnelle, physique, sciences de l'environnement ou dans un domaine connexe. Avoir un fort intérêt pour l'analyse quantitative et la modélisation, des compétences en programmation, et la capacité de travailler à l'interface des disciplines. Nous recherchons un candidat intéressé par la liaison des modèles aux données expérimentales.

Nous nous engageons à favoriser un environnement de recherche équitable, diversifié et inclusif. Nous encourageons particulièrement les candidatures de personnes sous-représentées en science, y compris celles issues de milieux culturels et ethniques divers et celles ayant suivi des parcours académiques non traditionnels. Nous croyons que la diversité renforce notre science et cherchons activement à construire une équipe inclusive et solidaire.

Ce que le poste vous offre

Le candidat sera basé à l'Université de Lausanne et collaborera étroitement avec l'EPFL. Le projet offre un environnement hautement interdisciplinaire à l'interface de l'écologie microbienne, de la physique et des sciences de la Terre.

Nous offrons un agréable lieu de travail dans un environnement académique multiculturel, diversifié et dynamique. Des opportunités de formation professionnelle, de nombreuses activités et d'autres avantages à découvrir.

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Contact pour plus d'informations

Dr Alice Bosco Santos – alice.boscosantos@unil.ch

Votre candidature

Date limite : 20.08.2026

Veuillez envoyer votre candidature complète en Word ou PDF : 

• Une lettre de motivation exposant vos intérêts et motivations de recherche (max. 1 page) ;
• Votre CV incluant votre parcours académique, vos recherches/publications antérieures et/ou expériences industrielles ainsi que les noms et coordonnées de 2-3 référents ;
• Une copie de vos diplômes.

Seules les candidatures via ce site web seront prises en compte.

Nous vous remercions de votre compréhension.

Informations supplémentaires

L'UNIL s'engage à :
• l'égalité, la diversité et l'inclusion au sein de sa communauté ;
• garantir un environnement ouvert et respectueux propice au développement personnel ;
• offrir des conditions de travail facilitant l'équilibre vie professionnelle/vie privée ;
• soutenir les chercheurs en début de carrière.

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