Chercheur Associé / Bioinformaticien (100%)

L’Institut d’Ophtalmologie Moléculaire et Clinique de Bâle (IOB) recherche un Chercheur Associé / Bioinformaticien pour rejoindre le Groupe de Recherche Clinique sur la Dégénérescence Rétinienne et Maculaire.

L’IOB combine recherche fondamentale et clinique pour faire progresser la compréhension de la vision et de ses maladies, et pour développer de nouvelles thérapies contre la perte de vision. Nous offrons un environnement où votre expertise sera valorisée, vos compétences mises au défi, et vos connaissances scientifiques élargies. Le Groupe de Recherche Clinique sur la Dégénérescence Rétinienne et Maculaire mène des recherches translationnelles et cliniques pour améliorer la caractérisation, le suivi et le traitement des maladies rétiniennes. Le groupe étudie la structure et la fonction rétiniennes à travers différentes maladies et stades, suit l’évolution de ces mesures dans le temps, et évalue les réponses aux traitements. Ses travaux couvrent l’imagerie multimodale, les tests fonctionnels, l’analyse computationnelle, le développement de biomarqueurs et de critères d’évaluation, la stratification des patients, les études d’histoire naturelle et les essais cliniques interventionnels. Son travail relie le développement thérapeutique précoce à une collaboration clinique à grande échelle avec plus de 30 sites partenaires internationaux en Europe, en Amérique du Nord et en Asie, aidant à traduire les découvertes de laboratoire en applications cliniques.

Nous recherchons un Chercheur Associé / Bioinformaticien pour diriger l’analyse quantitative des ensembles de données d’imagerie rétinienne. Vous travaillerez avec des représentations de haute dimension apprises à partir d’images rétiniennes, développerez des modèles longitudinaux de progression de la maladie, et construirez des approches basées sur les données pour la stratification des patients et la prédiction d’issues cliniquement pertinentes. Ce poste se situe à l’intersection de la biologie computationnelle, de l’analyse d’images médicales et de l’ophtalmologie translationnelle.

• Analyser de grands ensembles de données d’imagerie rétinienne (par ex. OCT, photographie du fond d’œil) en utilisant des caractéristiques d’imagerie dérivées de l’apprentissage profond
• Développer et valider des modèles statistiques et d’apprentissage automatique de la progression de la maladie
• Construire des pipelines de stratification et de phénotypage des patients
• Collaborer avec les cliniciens pour traduire les résultats computationnels en conception d’essais cliniques, critères de sélection des patients et développement de critères d’évaluation
• Contribuer à la production de publications du groupe et présenter les résultats lors de conférences internationales

• Qualifications minimales :
• Master ou doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique, informatique, génie biomédical, physique, statistiques ou domaine quantitatif connexe
• Solides compétences en programmation Python et expérience dans le développement de workflows d’analyse de données reproductibles
• Expérience avec des ensembles de données biomédicales ou d’imagerie complexes et de haute dimension, incluant le contrôle qualité et la validation des données
• Capacité à expliquer clairement les méthodes techniques et les résultats aux collaborateurs computationnels et cliniques
• Preuve de recherche quantitative indépendante, telle qu’une thèse, publication, prépublication, projet logiciel ou contribution analytique substantielle

• Qualifications préférées :
• Expérience en analyse d’images médicales, imagerie rétinienne ou données ophtalmiques
• Expérience avec les cadres d’analyse de survie, modélisation à effets mixtes ou approches bayésiennes de la progression de la maladie
• Expérience en apprentissage de représentations et modélisation générative ou temporelle dans des espaces de représentation appris, par exemple en utilisant des modèles de diffusion, modèles à variables latentes ou modèles d’état neuronal
• Expérience en modélisation statistique ou apprentissage automatique appliqué à des données longitudinales, à mesures répétées ou à données de temps jusqu’à événement
• Expérience en analyse de données de haute dimension (par ex. embeddings, données unicellulaires ou omiques), incluant réduction de dimensionnalité, clustering et phénotypage

• Excellence scientifique & impact – Rejoignez un institut de recherche très motivé à la pointe de la recherche sur la vision, soutenu par des installations à la pointe de la technologie dans un environnement de recherche international et innovant à Bâle
• Un environnement propice à la performance – Nous créons les conditions pour que vous puissiez donner le meilleur de vous-même : un engagement à soutenir l’excellence à long terme et des politiques favorables à la famille
• Soutien pratique & accessibilité – Emplacement pratique à Bâle avec d’excellents transports publics, repas subventionnés, soutien à la garde d’enfants et accès aux installations sportives universitaires (Unisport)
• Une culture de confiance mutuelle – Nous recherchons des collègues motivés, innovants et dévoués ; en retour, nous fournissons les ressources, la flexibilité et l’environnement où un travail exceptionnel peut s’épanouir

Candidature / Contact

Pour postuler, veuillez soumettre votre candidature via notre plateforme de recrutement . Pour plus d’informations, visitez www.iob.ch. Si vous avez des questions après avoir postulé, vous pouvez nous contacter en répondant simplement à l’email de confirmation que vous recevrez.

Veuillez noter que nous n’acceptons les candidatures que via le portail de recrutement.