Chercheur Associé, Conception Computationnelle de Canaux Ionique, Biologie Synthétique et Structurale (100%)

L'Institut d'Ophtalmologie Moléculaire et Clinique de Bâle (IOB) recherche un Chercheur Associé hautement motivé. L'IOB est un institut de recherche combinant recherche fondamentale et clinique. Sa mission est de stimuler les innovations dans la compréhension de la vision et de ses maladies et de développer de nouvelles thérapies pour la perte de vision. C'est un lieu où votre expertise sera valorisée, vos capacités mises au défi et vos connaissances élargies.

Nous recrutons un Chercheur Associé en conception computationnelle de canaux ioniques et de protéines membranaires (conception de protéines, biologie structurale et synthétique). Dans ce rôle, vous piloterez un cycle complet de conception–construction–test : concevoir computationnellement des canaux ioniques modifiés (par exemple, des protéines membranaires sensibles à la lumière), traduire les conceptions en constructions d'expression, et valider la fonction dans des systèmes mammifères en collaboration avec des collègues réalisant des essais quantitatifs (avec accès à l'électrophysiologie à haut débit et à l'imagerie avancée). Le poste combine des approches modernes basées sur la structure et la conception générative avec une exécution expérimentale pratique (culture cellulaire de mammifères, transfection/transduction, optimisation de l'expression et caractérisation protéique/fonctionnelle).

• Gérer le cycle de conception computationnelle et structurale pour les canaux ioniques et les protéines membranaires sensibles à la lumière (concept → hypothèses de conception → criblage in silico → sélection des candidats pour tests), en étroite interaction avec les collaborateurs expérimentaux et translationnels.
• Définir des objectifs clairs de conception et des critères de succès, et traduire les conceptions en plans pratiques de construction et d'essais.
• Développer et appliquer des flux de travail de conception protéique assistée par modèles appris (prédiction de structure, repliement inverse/conception de séquence, notation de séquence, et méthodes de proposition générative) et les intégrer avec les retours expérimentaux à travers des cycles de conception itératifs.
• Exécuter un flux de validation expérimentale ciblé (travail pratique limité) : culture cellulaire mammifère de routine, clonage/gestion des constructions ADN selon les besoins, transfection/transduction, et tests d'expression à petite échelle dans HEK/CHO (ou équivalent).
• Coordonner et interpréter les résultats fonctionnels générés avec l'équipe (par exemple, électrophysiologie, imagerie, essais biochimiques), en utilisant les résultats pour itérer les conceptions.
• Communiquer clairement les progrès et résultats dans les mises à jour internes, la documentation écrite et les réunions de projet ; contribuer aux présentations en conférence et aux manuscrits selon les besoins.
• Maintenir des enregistrements précis et une communication efficace au quotidien avec votre superviseur et vos collaborateurs.

• Doctorat (ou expérience équivalente) en biologie computationnelle, ingénierie des protéines, biologie structurale, biophysique, biochimie, biologie moléculaire/cellulaire ou domaine étroitement lié.
• ≥3 ans d'expérience postdoctorale (ou équivalente) avec au moins deux des éléments suivants :
  • conception protéique computationnelle/basée sur la structure (en particulier protéines membranaires ou canaux ioniques),
  • flux de travail de conception protéique assistée par modèles appris (ex. prédiction de structure, repliement inverse/conception de séquence, notation de séquence basée sur modèles de langage protéique, et outils de proposition générative de séquence/structure),
  • stratégies de conception et de criblage génératives ou basées sur des bibliothèques (incluant l'évolution dirigée),
  • biologie moléculaire pour des cycles rapides de conception–construction–test (clonage, conception de constructions, optimisation d'expression),
  • pipelines de découverte/minage métagénomique et annotation,
  • criblage fonctionnel quantitatif (essais en microplaque et/ou lectures électrophysiologiques/imagerie).
• Forte motivation à développer et affiner des méthodes principalement in silico, avec une composante expérimentale légère mais compétente.
• Très organisé et précis ; à l'aise pour gérer plusieurs itérations de conception avec une documentation rigoureuse et un contrôle de version.
• Compétences solides en programmation et analyse de données (ex. Python) et expérience avec des logiciels/chaînes d'outils de biologie structurale et de conception protéique (ex. Rosetta ; flux de travail de prédiction de structure tels que AlphaFold ou équivalent ; outils de repliement inverse/conception de séquence et conception générative ; chaînes d'outils MD/analyse).
• Compétence pratique en culture cellulaire de mammifères et technique stérile ; familiarité avec les environnements BSL1/BSL2.
• Preuves d'impact en conception protéique (ex. travaux en tant que premier auteur, contributions open-source, méthodes publiées, ou résultats démontrés de fonctions modifiées).

• Excellence scientifique & impact – Rejoignez un institut de recherche très motivé à la pointe de la recherche sur la vision, soutenu par des installations à la pointe de la technologie dans un environnement de recherche international et innovant à Bâle
• Un environnement conçu pour la performance – Nous créons des conditions qui vous permettent de donner le meilleur de vous-même : un engagement à soutenir l'excellence à long terme et des politiques favorables à la famille
• Soutien pratique & accessibilité – Emplacement pratique à Bâle avec d'excellents transports publics, repas subventionnés, soutien à la garde d'enfants et accès aux installations sportives universitaires (Unisport)
• Une culture de confiance mutuelle – Nous recherchons des collègues qui apportent motivation, innovation et dévouement ; en retour, nous fournissons les ressources, la flexibilité et l'environnement où un travail exceptionnel prospère

Candidature / Contact

Les candidats intéressés doivent soumettre leur candidature en ligne via la plateforme de recrutement. Veuillez inclure une lettre de motivation et votre curriculum vitae. Pour plus d'informations, veuillez visiter notre site web www.iob.ch ou contacter le Dr Guilherme Testa-Silva (guilherme.silva@iob.ch)