Universität Basel
Basel
Poste de doctorant en modélisation générative du développement humain et des maladies
- 17 septembre 2026
- 100%
- 4000 Basel
À propos de cette offre
En tant que collaboration entre l'Université de Bâle et les Hôpitaux Universitaires de Bâle, le Département de Biomédecine (DBM) réunit des scientifiques fondamentaux et cliniques pour faire progresser la compréhension de la santé et de la maladie.
Nous accueillons plus de 67 groupes de recherche et plus de 800 employés répartis sur six sites au cœur de Bâle. Notre environnement collaboratif et international favorise l'innovation, l'excellence et la recherche à fort impact.
Rejoignez notre communauté et contribuez à façonner l'avenir de la biomédecine.
Le laboratoire de Dynamique Cellulaire Computationnelle (CCD), dirigé par Marius Lange, est un nouveau groupe de recherche au Département de Biomédecine et au Centre de Recherche de Bâle pour la Santé de l'Enfant (BRCCH). Nous développons des modèles génératifs de la manière dont les tissus humains se développent, mûrissent et se régénèrent, ainsi que de ce qui dysfonctionne en cas de maladie, avec un accent sur la santé infantile. Le groupe débutera en janvier 2027.
Nous accueillons plus de 67 groupes de recherche et plus de 800 employés répartis sur six sites au cœur de Bâle. Notre environnement collaboratif et international favorise l'innovation, l'excellence et la recherche à fort impact.
Rejoignez notre communauté et contribuez à façonner l'avenir de la biomédecine.
Le laboratoire de Dynamique Cellulaire Computationnelle (CCD), dirigé par Marius Lange, est un nouveau groupe de recherche au Département de Biomédecine et au Centre de Recherche de Bâle pour la Santé de l'Enfant (BRCCH). Nous développons des modèles génératifs de la manière dont les tissus humains se développent, mûrissent et se régénèrent, ainsi que de ce qui dysfonctionne en cas de maladie, avec un accent sur la santé infantile. Le groupe débutera en janvier 2027.
Votre poste
Vous développerez des modèles génératifs à partir de données de génomique unicellulaire et spatiale, issues du séquençage et de l'imagerie, et les appliquerez à la biologie du développement humain et des maladies. Les directions de recherche possibles incluent :
? Modèles génératifs de la communication cellulaire. Aller au-delà de l'analyse descriptive ligand-récepteur pour des modèles qui prédisent et aident à comprendre comment les cellules réagissent aux signaux.
? Modèles conjoints de régulation et de dynamique. Les modèles basés sur le flux et la diffusion des dynamiques cellulaires sont suffisamment expressifs pour mapper n'importe quelle source à n'importe quel état cible, mais ils ne parviennent pas à apprendre les principes régulateurs sous-jacents. Nous travaillons sur la régularisation, la formation sur des données de perturbation et de traçage de lignées résolues dans le temps, ainsi que sur des lectures multimodales pour contraindre ces modèles vers des mécanismes biologiques.
? Conception d'interventions et apprentissage continu. Au-delà de la prédiction des résultats de perturbations : concevoir des interventions qui orientent les cellules vers un état moléculaire souhaité, et mettre à jour les modèles entraînés à mesure que de nouvelles données arrivent, vers une configuration laboratoire-en-boucle.
Ces directions s'appuient sur nos travaux antérieurs sur la dynamique cellulaire, la régulation et l'intégration des données : scVelo, CellRank, CellRank 2, moslin, moscot et RegVelo. En collaboration avec des partenaires des hôpitaux, universités et instituts de Bâle, nous générons nos propres données, sur les plateformes spatiales et unicellulaires les plus récentes.
? Modèles génératifs de la communication cellulaire. Aller au-delà de l'analyse descriptive ligand-récepteur pour des modèles qui prédisent et aident à comprendre comment les cellules réagissent aux signaux.
? Modèles conjoints de régulation et de dynamique. Les modèles basés sur le flux et la diffusion des dynamiques cellulaires sont suffisamment expressifs pour mapper n'importe quelle source à n'importe quel état cible, mais ils ne parviennent pas à apprendre les principes régulateurs sous-jacents. Nous travaillons sur la régularisation, la formation sur des données de perturbation et de traçage de lignées résolues dans le temps, ainsi que sur des lectures multimodales pour contraindre ces modèles vers des mécanismes biologiques.
? Conception d'interventions et apprentissage continu. Au-delà de la prédiction des résultats de perturbations : concevoir des interventions qui orientent les cellules vers un état moléculaire souhaité, et mettre à jour les modèles entraînés à mesure que de nouvelles données arrivent, vers une configuration laboratoire-en-boucle.
Ces directions s'appuient sur nos travaux antérieurs sur la dynamique cellulaire, la régulation et l'intégration des données : scVelo, CellRank, CellRank 2, moslin, moscot et RegVelo. En collaboration avec des partenaires des hôpitaux, universités et instituts de Bâle, nous générons nos propres données, sur les plateformes spatiales et unicellulaires les plus récentes.
Votre profil
Exigences :
? Master en informatique, mathématiques, physique, ingénierie, biologie computationnelle ou dans un domaine quantitatif connexe
? Expérience pratique avec des données biologiques
? Solides compétences en Python et expérience avec PyTorch ou JAX, ainsi qu'une base statistique pour raisonner sur les modèles utilisés
? Un compte GitHub avec du code que vous avez écrit
? Maîtrise de l'anglais
Souhaitable :
? Expérience avec des données de génomique unicellulaire ou spatiale
? Contributions à des logiciels scientifiques open source
? Master en informatique, mathématiques, physique, ingénierie, biologie computationnelle ou dans un domaine quantitatif connexe
? Expérience pratique avec des données biologiques
? Solides compétences en Python et expérience avec PyTorch ou JAX, ainsi qu'une base statistique pour raisonner sur les modèles utilisés
? Un compte GitHub avec du code que vous avez écrit
? Maîtrise de l'anglais
Souhaitable :
? Expérience avec des données de génomique unicellulaire ou spatiale
? Contributions à des logiciels scientifiques open source
Nous vous offrons
? Un poste de doctorant entièrement financé sur quatre ans (100 %) dans un nouveau groupe de recherche avec des ressources généreuses pour le calcul et la génération de données
? Un environnement de recherche collaboratif et soutenant, avec accès à des échantillons cliniques pédiatriques et adultes grâce à des collaborations hospitalières à Bâle. Nous promouvons une culture d'équipe dynamique et inclusive qui valorise la diversité
? Un salaire et des avantages sociaux compétitifs au niveau international selon les règles de l'Université de Bâle ; inscription au Programme International de Doctorat en Biomédecine, avec cours, formation aux compétences et développement de carrière
? L'un des écosystèmes de sciences de la vie les plus denses d'Europe : aux côtés de l'Université et de ses hôpitaux, Bâle accueille le D-BSSE de l'ETH Zurich, l'Institut Botnar d'Ingénierie Immunitaire (BIIE), l'Institut Friedrich Miescher (FMI), l'Institut d'Ophtalmologie Moléculaire et Clinique de Bâle (IOB), le BRCCH où se situe ce laboratoire, ainsi que deux entreprises pharmaceutiques mondiales, tous situés à quelques kilomètres, dans une ville internationale à la frontière de la France et de l'Allemagne offrant une haute qualité de vie
? Un environnement de recherche collaboratif et soutenant, avec accès à des échantillons cliniques pédiatriques et adultes grâce à des collaborations hospitalières à Bâle. Nous promouvons une culture d'équipe dynamique et inclusive qui valorise la diversité
? Un salaire et des avantages sociaux compétitifs au niveau international selon les règles de l'Université de Bâle ; inscription au Programme International de Doctorat en Biomédecine, avec cours, formation aux compétences et développement de carrière
? L'un des écosystèmes de sciences de la vie les plus denses d'Europe : aux côtés de l'Université et de ses hôpitaux, Bâle accueille le D-BSSE de l'ETH Zurich, l'Institut Botnar d'Ingénierie Immunitaire (BIIE), l'Institut Friedrich Miescher (FMI), l'Institut d'Ophtalmologie Moléculaire et Clinique de Bâle (IOB), le BRCCH où se situe ce laboratoire, ainsi que deux entreprises pharmaceutiques mondiales, tous situés à quelques kilomètres, dans une ville internationale à la frontière de la France et de l'Allemagne offrant une haute qualité de vie
Candidature/Contact
Veuillez soumettre votre candidature via la plateforme en ligne. Elle doit inclure :
? une lettre de motivation exposant vos intérêts de recherche, votre adéquation au profil et les raisons de votre candidature (max. une page)
? une brève description d’un projet de recherche auquel vous avez participé, par exemple votre projet de master, précisant sa justification, ses résultats principaux et votre contribution (max. une demi-page)
? un CV
? un lien vers votre compte GitHub
? une copie de votre relevé de notes actuel de master
? les coordonnées d’au moins deux références (prêtes à fournir des lettres de recommandation sur demande), incluant votre relation avec elles
Le poste est disponible à partir du 1er janvier 2027, ou plus tard d’un commun accord. L’examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Pour toute question, veuillez contacter le Prof. Dr Marius Lange ( marius.lange.lab@gmail.com ).
L’Université de Bâle est un employeur garantissant l’égalité des chances et favorable à la famille, engagé vers l’excellence par la diversité.
Veuillez soumettre votre candidature via la plateforme en ligne. Elle doit inclure :
? une lettre de motivation exposant vos intérêts de recherche, votre adéquation au profil et les raisons de votre candidature (max. une page)
? une brève description d’un projet de recherche auquel vous avez participé, par exemple votre projet de master, précisant sa justification, ses résultats principaux et votre contribution (max. une demi-page)
? un CV
? un lien vers votre compte GitHub
? une copie de votre relevé de notes actuel de master
? les coordonnées d’au moins deux références (prêtes à fournir des lettres de recommandation sur demande), incluant votre relation avec elles
Le poste est disponible à partir du 1er janvier 2027, ou plus tard d’un commun accord. L’examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Pour toute question, veuillez contacter le Prof. Dr Marius Lange ( marius.lange.lab@gmail.com ).
L’Université de Bâle est un employeur garantissant l’égalité des chances et favorable à la famille, engagé vers l’excellence par la diversité.
Universität Basel
4000 Basel
4000 Basel
