Description du poste

La Faculté de médecine de l'Université de Genève bénéficie d'une dynamique multiculturelle enrichissante à laquelle elle contribue par son rayonnement dans le cadre des mandats qu'elle s'est donnés: l'enseignement, la recherche et son partenariat avec les Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG).

Vous souhaitez participer à l'évolution de la recherche sur les démences, la maladie d'Alzheimer et leur prévention ? Vous souhaitez collaborer avec des spécialistes renommés dans ce domaine ?

Afin de renforcer son équipe dynamique, le Centre de la mémoire du Pr Giovanni Frisoni (faisant partie du Département de réadaptation et de gériatrie) est à la recherche d'un-e :

Post-doctorant-e spécialisé-e en bioinformatique (100%)

(avec un doctorat en bioinformatique et de l'expérience en bioinformatique, biostatistiques, data science ou domaine connexe).

Le/la candidat-e retenu-e rejoindra le laboratoire du Pr Frisoni pour travailler sur plusieurs projets axés sur l'interaction entre le microbiote intestinal et la démence, en particulier la maladie d'Alzheimer. Il s'agira d'analyser les données d'une vaste étude clinique portant sur plus de 1 000 personnes. L'objectif est d'identifier l'impact du microbiote humain sur l'apparition et la progression de la maladie d'Alzheimer. Ce projet comprend un large set de données telles que des analyses métagénomiques du microbiote, de métabolomique, de lipidomique et de protéomique sur divers types d'échantillons, associés à une caractérisation clinique complète (diagnostics, biomarqueurs, PET-scans, des IRM et un large éventail d'évaluations neuropsychologiques).

Titre et compétences exigés

Le/la candidat-e doit avoir de solides compétences en analyse bioinformatique et posséder les aptitudes suivantes :

• Application de biostatistiques modernes et de machine learning sur des données biologiques. Analyse, intégration et visualisation de différents types de données omiques, incluant des données génomiques, transcriptomiques et protéomiques.

• Contextualisation des résultats multi-omiques, y compris la corrélation avec les variables cliniques et les biomarqueurs, les analyses au niveau des voies de signalisations, et stratification de la population par sous-typage moléculaire.

• Bonne capacité de communication afin de travailler et interagir avec des biologistes, des clinicien-nes et des spécialistes des données.

• Expérience avérée de d'utilisation d'outils de machine learning sur des données biomédicales.

• Expérience spécifique démontrée dans l'analyse de données sur le microbiome (séquençage 16S ARNr et shot-gun).

• Excellentes compétences en matière d'analyse et de visualisation des données et de programmation statistique en R et Python.

• A l'aise avec la ligne de commande Linux/Unix et les environnements hpc.

• Une expérience dans l'analyse de données d'IRM cérébrale sera considérée comme un atout.

• Maîtrise de la langue anglaise (niveau C1 ou supérieur).

Après une période de formation aux méthodes utilisées par le Centre de la mémoire et son laboratoire, le/la post-doctorant-e sera intégré-e à l'équipe et devra jouer un rôle de premier plan dans les projets de recherche ambitieux auxquels il/elle sera affecté-e.

Il est attendu à ce qu'il/elle exerce son activité tout en collaborant efficacement avec l'équipe et qu'il/elle démontre ses compétences dans la réalisation d'analyses bioinformatiques en collaboration avec ses collègues du laboratoire. Le/la post-doctorant-e devra également être en mesure de communiquer de façon optimale avec les divers intervenant-es internes et externes, tant de vive voix que par écrit, afin de pouvoir présenter les résultats obtenus à la communauté scientifique.

Entrée en fonction

01.10.2024

Contact

De plus amples informations peuvent être obtenues auprès du Écrire un email et du Écrire un email

Informations complémentaires

Contrat de droit privé d'une durée de 12 mois renouvelable.

Groupe de recherche:

https://www.unige.ch/medecine/migrg/fr/groupes-de-recherche/935frisoni/

Job description

Job description

The Faculty of Medicine of the University of Geneva benefits from an enriching multicultural environment to which it contributes through its influence within the framework of the mandates it has given itself: teaching, research and its partnership with the University Hospitals of Geneva (HUG).

Would you like to participate in the evolution of research on dementia, Alzheimer's disease and dementia prevention? Would you like to collaborate with renowned specialists in this field?

In order to strengthen its dynamic team, the Memory Centre of Professor Giovanni Frisoni (part of the Department of Rehabilitation and Geriatrics) is looking for a :

Post-doctoral fellow, specialized in Bioinformatics (100%)

(with a PhD in bioinformatics and experience in computational biology, biostatistics, data science, biomedical informatics or a related field).

The successful applicant will join Professor Frisoni's laboratory to work on several projects focused on the interaction between gut microbiota and dementia, specifically Alzheimer's disease. The role involves analyzing data from a local large clinical cohort study comprising over 1,000 individuals. The objective is to identify the impact of the human microbiota on the onset and progression of Alzheimer's disease. This project includes extensive data sets such as microbiota metagenomics, metabolomics, lipidomics, and proteomics from various sample types, alongside comprehensive clinical characterizations, including diagnoses, biomarkers, PET-scans, MRIs and a wide array of neuropsychological tests.

Skills / profile required:

The candidate must have a strong competence in bioinformatic analysis and possess the following skills:

• Application of modern biostatistics and machine learning methods to high-throughput molecular data; analysis, integration and visualization of different types of omics data, including genomics, transcriptomics, metabolomics, and proteomics.

• Contextualization of results from multi-omics experiments, including correlation with clinical variables and biomarkers, pathway- and network- level analyses, stratification of the population by molecular subtyping.

• Good personal communication skills to work and interact with biologists, clinicians, and data scientists.

• Demonstrated experience with the application of supervised and unsupervised machine learning methods to biomedical data.

• Specific demonstrated experience in analyzing microbiome data (both 16S rRNA gene and shot-gun sequencing).

• Excellent skills in data analysis, data visualization and statistical programming in R and Python.

• Familiarity with Linux/Unix command line and high-performance computing environments.

• Large scale brain MRI data analysis will be considered a plus.

• Proficiency with the English language of C1 or higher.

After a period of training in the methods used by the Memory Centre and its laboratory, the post-doctoral fellow will be integrated into the team and will be expected to play a leading role in the ambitious research project to which they will be assigned.

They will be expected to carry out their work while collaborating effectively with the team and to demonstrate their skills in carrying out bioinformatics analyses in collaboration with colleagues in the laboratory. They should also be able to communicate effectively with the various internal and external partners, both orally and in writing, to present the results obtained to the scientific community.

Starting date

01.10.2024

Contact

Further information can be obtained from Écrire un email and Écrire un email.

Further information

Contract under private funding, renewable.

Research Group :

https://www.unige.ch/medecine/migrg/fr/groupes-de-recherche/935frisoni/

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Dans une perspective de parité, l'Université encourage les candidatures du sexe sous-représenté.